Nació en la ciudad peruana de Arequipa el 15 de febrero de 1787. Por algún tiempo, vivió junto a su familia en Lima, pero cuando en 1797 su padre fue llamado por el Servicio Español, toda la familia viajó a Buenos Aires. Mientras su padre siguió solo su viaje a Madrid, el resto de la familia se asentó en Buenos Aires.
Durante las Invasiones Inglesas de 1806 y 1807 luchó con las milicias patriotas, pero ambas veces fue capturado y encarcelado, siendo liberado recién con la rendición de las tropas invasoras. Participó también en la Revolución de Mayo.
Durante el gobierno del Director Supremo Carlos Maria de Alvear, luchó como coronel en la captura de Montevideo donde ganó una medalla (probablemente la que aparece en su retrato).
Fue designado jefe de la vanguardia del ejército que debía atacar a los federales de Santa fe y posiblemente en la Banda Oriental. Sin embargo, a poco de partir hacia ese detino, estando en la Posta de Fontezuelas (actual Pergamino), se puso en contacto con los enviados del caudillo José de Artigas y se pronunció contra Alvear.
El Cabildo de Buenos Aires y el General Miguel Etanislao Soler aprovecharon la oportunidad para forzar, unos días más tarde, la renuncia de Alvear. Junto con éste, fue también derrocada la Asamblea del Año XIII.
El cabildo dirigió la elección de un nuevo Director Supremo, cargo para el que fue desigando, el 20 de abril de 1815, Jose Rondeau. Pero dado que éste estaba al frente del Ejercito del Norte, en una campaña militar en el Alto Perú, Álvarez Thomas fue designado Director interino al día siguiente. Por lo tanto, entre el 21 de abril de 1815 y el 3 de mayo de 1816 ocupó interinamente el cargo de Director Supremo, en calidad de sustituto.
A mediados de 1815 hizo detener a una comisión del Congreso de Oriente de las provincias artiguistas, que habían bajado a Buenos Aires para establecer la paz definitiva, por lo que las tratativas de paz se interrumpieron. A continuación lanzó una invasión sobre Santa Fe, provincia a la que volvió a someter a la obediencia de Buenos Aires. De todos modos, a principios del año siguiente, la provincia declaraba su autonomía en forma definitiva.
Esta ruptura hizo imposible el avenimiento con Artigas y los federales, de modo que éstos no reconocieron su autoridad nacional. Y tampoco habrían de enviar sus diputados al Congreso de Tucuman, ni participaron en la declaración de la Independencia. Por cierto, no fue Álvarez Thomas el único responsable; su responsabilidad es compartida con casi todos los gobiernos porteños y con el carácter particular y suspicaz del caudillo.
En 1816 envió una nueva invasión contra la recién independizada Santa Fe, pero su jefe, el General Eustoquio Diaz Velez, prefirió pactar con los federales, y forzó al Director Sustituto a renunciar.
En 1820, cuando el Directorio fue disuelto, resurgió como líder, sin embargo, al ser encarcelado y liberado luego de 19 días, perdió su poca influencia política.
Entre 1825 y 1835 desempeñó los cargos de Embajador de la Provincia de Buenos Aires en Perú y más tarde Chile.
Por su oposición al gobierno de Rosas fue encarcelado y posteriormente desterrado por éste. En su etapa de exilio pasó por Río de janeiro. En 1846 emigró a Chile y luego a Perú.
Regresó a la Argentina en 1852, cuando Rosas fue derrocado por el General Justo José de Urquiza, para instalarse en Buenos Aires definitivamente.
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